Primero debes activar el dominio que quieres utilizar para las DNS, por ejemplo midominio.com:
Accede a la administración de DNS de este dominio y crea las entradas tipo A ns1 y ns2 asociadas a dos ips que tengas asignadas en el servidor, así tendrás:
ns1.midominio.com IP1
ns2.midominio.com IP2
Elimina la entrada NS que puedan haber en la configuración y crea tus propias entradas NS: ns1.midominio.com y ns2.midominio.com.
Ya por último debes crear las DNS a través del registrador de tu dominio, asignado cada DNS la correspondiente IP, una vez estás DNS estén propagadas podrás utilizarlas para alojar dominios en tu servidor.
